Le début de la domination espagnole est prometteur : Felipe s’engage à préserver l’autonomie longtemps oubliée du Portugal et de son Parlement. Mais le peuple portugais résiste au gouvernement espagnol et nourrit le rêve que Sébastien soit toujours vivant. Nombreux sont les aspirants à lui succéder jusqu’en 1600. Bien que Philippe soit un homme d’honneur, ses successeurs le sont beaucoup moins et utilisent le Portugal pour fournir de l’argent et des soldats pour les guerres d’outre-mer, tandis que les dirigeants espagnols dirigent le Portugal.
L’insurrection en Catalogne a stimulé le désir d’indépendance du Portugal, d’autant plus que Philippe III d’Espagne a ordonné aux troupes portugaises de réprimer la révolte ; finalement, en 1640, un groupe de conspirateurs a lancé un coup d’État. Les nationalistes ont expulsé de Lisbonne le gouverneur du Portugal et sa garnison. C’est alors que le Duc de Bragance monta sur le trône à contrecœur et fut couronné sous le nom de Jean IV.
Harcelé par l’hostilité de l’Espagne, le Portugal cherche des alliés. Deux traités rapides avec l’Angleterre ont conduit au mariage de Charles II avec la fille de Jean, Catherine de Braganza, et au transfert de Tanger et de Bombay aux Anglais. En retour, ce dernier a promis des armes et des soldats. L’Espagne, cependant, a d’autres préoccupations plus urgentes et n’insiste pas sur la reconquête du Portugal, dont elle reconnaît finalement l’indépendance en 1668.
Les successeurs de Jean IV se sont lancés dans une politique absolutiste, surtout sous le règne de Jean V, grand admirateur du roi de France Louis XIV. La Couronne a ignoré le Parlement et une autre ère de gaspillage a commencé, avec des projets tels que l’extravagant monastère-palais de Mafra.
Un des hommes les plus vénérés et les plus craints du Portugal a contribué à cimenter le pouvoir de la Couronne : le marquis de Pombal, premier ministre de l’épicurien Dom Joseph Ier, un monarque plus intéressé par l’opéra que par la politique. Le marquis, décrit comme un despote éclairé, a fait entrer le Portugal dans l’ère moderne, écrasant toute opposition avec une efficacité brutale.
Pombal a créé des monopoles d’État, a réduit le pouvoir des marchands britanniques et a stimulé l’agriculture et l’industrie. Il abolit l’esclavage et les distinctions entre anciens et nouveaux chrétiens (juifs convertis), et renouvelle l’éducation.
Lorsque Lisbonne a subi un tremblement de terre dévastateur en 1755, Pombal a rapidement reconstruit la ville. Il est alors au sommet de son pouvoir et se libère de ses principaux ennemis en les impliquant dans une tentative d’attentat contre le roi.
Elle aurait pu rester au pouvoir n’eut été de l’arrivée sur le trône de la dévote Marie Ière en 1777. Pombal, un anticlérical déclaré, a été rapidement renvoyé et accusé de divers crimes, bien qu’il n’ait jamais mis les pieds en prison. Bien que sa législation religieuse ait été abrogée, la plupart de ses politiques économiques, agricoles et éducatives sont restées en place, propulsant le pays vers une nouvelle prospérité.
Cependant, de nouveaux troubles se profilent à l’horizon, avec l’avancée imparable de Napoléon à travers l’Europe.